Mit der Pfingstmission Baden-Wettingen, der Baptistengemeinde, der Freien Evangelischen Gemeinde Baden-Wettingen (FEG), den Mormonen und der Neuapostolischen Kirche sind in Wettingen fünf Freikirchen vertreten. Die freikirchliche Szene wächst. Allein die Baptisten konnten in den vergangenen vier Jahren die Zahl der Gottesdienstbesucher verdoppeln.